در دوره اقامت پانزده ساله خود در قم از محضر مرحوم آیت الله العظمی بروجردی (در فقه و اصول) و حضرت امام خمینی ( به مدت 12 سال در فلسفه ملاصدرا و عرفان و اخلاق و اصول) و مرحوم علامه سید محمد حسین طباطبائی (در فلسفه : الهیات شفای بوعلی و دروس دیگر) بهره می گیرد. قبل از هجرت آیت الله العظمی بروجردی به قم نیز استاد شهید گاهی به بروجرد می رفته و از محضر ایشان استفاده می کرده است. مولف شهید مدتی نیز از محضر مرحوم آیت الله حاج میرزا علی آقا شیرازی در اخلاق و عرفان بهره های معنوی فراوان برده است. از اساتید دیگر استاد مطهری می توان از مرحوم آیت الله سید محمد حجت (در اصول) و مرحوم آیت الله سید محمد محقق داماد (در فقه) نام برد. وی در مدت اقامت خود در قم علاوه بر تحصیل علم، در امور اجتماعی و سیاسی نیز مشارکت داشته و از جمله با فدائیان اسلام در ارتباط بوده است. در سال 1331 در حالی که از مدرسین معروف و ازامیدهای آینده حوزه به شمار می رود به تهران مهاجرت می کند. 

(برای دیدن تصاویر در سایز اصلی خود بر روی آن کلیک کنید)

در سال 1348 به خاطر صدور اعلامیه ای با امضای ایشان و حضرت علامه طباطبایی و آِیت الله حاج سید ابوالفضل مجتهد زنجانی مبنی بر جمع اعانه برای کمک به آوارگان فلسطینی و اعلام آن طی یک سخنرانی در حسینیه ارشاد دستگیر شد و مدت کوتاهی در زندان تک سلولی به سربرد. از سال 1349 تا 1351 برنامه های تبلیغی مسجدالجواد را زیر نظر داشت و غالباً خود سخنران اصلی بود تا اینکه آن مسجد و به دنبال آن حسینیه ارشاد تعطیل گردید و بار دیگر استاد مطهری دستگیر و مدتی در بازداشت قرار گرفت. پس از آن استاد شهید سخنرانیهای خود را در مسجد جاوید و مسجد ارک و غیره ایراد می کرد. بعد از مدتی مسجد جاوید نیز تعطیل گردید. در حدود سال 1353 ممنوع المنبر گردید و این ممنوعیت تا پیروزی انقلاب اسلامی ادامه داشت. اما مهمترین خدمات استاد مطهری در طول حیات پر برکتش ارائه ایدئولوژی اصیل اسلامی از طریق درس و سخنرانی و تألیف کتاب است. این امر خصوصاً در سالهای 1351 تا 1357 به خاطر افزایش تبلیغات گروههای چپ و پدید آمدن گروههای مسلمان چپ زده و ظهور پدیده التقاط به اوج خود می رسد. گذشته از حضرت امام، استاد مطهری اولین شخصیتی است که به خطر سران سازمان موسوم به « مجاهدین خلق ایران » پی می برد و دیگران را از همکاری با این سازمان باز می دارد و حتی تغییر ایدئولوژی آنها را پیش بینی می نماید. در این سالها استاد شهید به توصیه حضرت امام مبنی بر تدریس در حوزه علمی قم هفته ای دو روز به قم عزیمت نموده و درسهای مهمی در آن حوزه القا می نماید و همزمان در تهران نیز درسهایی در منزل و غیره تدریس می کند. در سال 1355 به دنبال یک درگیری با یک استاد کمونیست دانشکده الهیات! زودتر از موعد مقرر بازنشسته می شود. همچنین در این سالها استاد شهید با همکاری تنی چند از شخصیتهای روحانی، «جامعه روحانیت مبارز تهران » را بنیان می گذارد بدان امید که روحانیت شهرستانها نیز به تدریج چنین سازمانی پیدا کند.

گرچه ارتباط استاد مطهری با امام خمینی پس از تبعید ایشان از ایران به وسیله نامه و غیره استمرار داشته است ولی در سال 1355 موفق گردید مسافرتی به نجف اشرف نموده و ضمن دیدار با امام خمینی درباره مسائل مهم نهضت و حوزه های علمیه با ایشان مشورت نماید. پس از شهادت آیت الله سید مصطفی خمینی و آغاز دوره جدید نهضت اسلامی، استاد مطهری به طور تمام وقت درخدمت نهضت قرار می گیرد و در تمام مراحل آن نقشی اساسی ایفا می نماید. در دوران اقامت حضرت امام در پاریس، سفری به آن دیار نموده و در مورد مسائل مهم انقلاب با ایشان گفتگو می کند و در همین سفر امام خمینی ایشان را مسؤول تشکیل شورای انقلاب اسلامی می نماید. هنگام بازگشت امام خمینی به ایران مسؤولیت کمیته استقبال از امام را شخصاً به عهده می گیرد و تا پیروزی انقلاب اسلامی و پس از آن همواره در کنار رهبر عظیم الشأن انقلاب اسلامی و مشاوری دلسوز و مورد اعتماد برای ایشان بود تا اینکه در ساعت بیست و دو و بیست دقیقه سه شنبه یازدهم اردیبهشت ماه سال 1358 در تاریکی شب در حالی که از یکی از جلسات فکری سیاسی بیرون آمده بود یا گلوله گروه فرقان که به مغزش اصابت نمود به شهادت می رسد و امام و امت اسلام در حالی که امیدها به آن بزرگمرد بسته بودند در ماتمی عظیم فرو می روند. سلام و درود خدا بر روح پاک و مطهرش.