سید احمد معتمدی در سال 1376 به عنوان رئیس وقت سازمان پژوهش های علمی و صنعتی با سهمیه ارزی وزارت علوم و ریالی سازمان پژوهش های علمی و صنعتی، 500هزار کیلوگرم (25 تریلی) مواد شیمیایی اکسید تیتان و مونوپنتاتریول (مواد کاربردی در رنگ سازی) را با ادعای استفاده برای طرح های تائیدی سازمان مزبور وارد کشور نمود. وی بر خلاف این ادعا مواد وارداتی را در بازار آزاد به فروش رساند، اما بر اساس نظریه رسمی اداره حقوقی سازمان پژوهش های علمی و صنعتی، هیچ مدرکی دال بر ورود این کالا به انبار سازمان و یا فروش و گشایش اعتبار وجود ندارد.
به گزارش فرهنگ نیوز، در رابطه با این تخلف مالی، پرونده ای تشکیل شد که منجر به محکومیت معتمدی و شریک جرم وی (معاون وقت اداری مالی سازمان) شد که این دو نفر پس از کش و قوس های فراوان، سال گذشته به حکم صادره اعتراض نمودند، اما دادگاه تجدیدنظر در نهایت حکم هیات دوم مستشاری دیوان را عینا تایید نمود.
بر اساس این حکم که در تاریخ 18 فروردین 1394 صادر شده است، سید احمد معتمدی به انفصال موقت از خدمت و جریمه نقدی 710 هزار دلار آمریکا (با معادل ریالی به نرخ رسمی روز) محکوم شد.
لازم به ذکر است، معتمدی در کارنامه عملکرد خود، وزارت پست و تلگراف و تلفن دولت اصلاحات را به عهده داشت که به دلیل ضعف در عملکرد در تاریخ 14 آبان 1382 و بدون حضور رئیس دولت اصلاحات استیضاح شد که با تکاپوی بسیار و روانه نمودن بیش از 70 نفر برای رایزنی با نمایندگان مجلس جهت جلب نظر آنها در نهایت در پست خود ابقاء شد. وی در آن زمان خود را منتسب به نیروهای ارزشی معرفی نموده و مدعی بود استیضاح وی سیاسی است. این در حالی است که معتمدی هم اکنون از طرفداران و نزدیکان حجت الاسلام هاشمی رفسنجانی است. همچنین وی در سال 1388 از اعضای کمیته غیرقانونی صیانت از آراء میرحسین موسوی بوده و انتصابش به ریاست دانشگاه امیرکبیر با حاشیه ها و انتقادات فراوانی همراه بود.