اداره کل بنادر در روز ۱۵ بهمن ماه ۱۳۱۴ در تهران تأسیس و کلیهٔ امور بنادر ایران در آن متمرکز شد. در خرداد ماه ۱۳۳۹ بنگاه کل بنادر و کشتیرانی به سازمان بنادر و کشتیرانی تغییر کرد. این سازمان برای مدتی زیر مجموعه وزارت بازرگانی و وزارت اقتصاد بود اما نهایتا در سال ۱۳۵۳ به وزارت راه انتقال یافت. همچنین در اردیبهشت ۱۳۸۷ نام آن به سازمان بنادر و دریانوردی تغییر کرد.