با توجه به تغییر استراتژی نبرد در سالهای پایانی دهه نود میلادی و اهمیت یافتن نبردهای هوایی و همچنین افزایش حجم تهدیدات علیه جمهوری اسلامی ایران و در اولویت قرارگرفتن پدافند هوایی، با دستور فرمانده کل قوا در سال 1371 قرارگاه پدافند هوایی خاتم‌الانبیاء (ص) مسئولیت هماهنگی فعالیت‌های پدافند هوایی ارتش و سپاه را عهده‌دار شد. قرارگاه پدافند هوایی با ماموریت دفاع از هوا و فضای کشور در مقابل هر گونه تهدید هوایی و با بهره‌گیری از تمامی ظرفیت‌های پدافند هوایی نیروهای مسلح کشور در دهم شهریور ماه 1387 با ساختاری متفاوت سازماندهی و تقویت گردید که بعدها این روز به عنوان روز پدافند هوایی شناخته شد. قرارگاه پدافند هوایی خاتم الانبیاء(ص) در ساختار تشکیلاتی جدید با تحویل گرفتن کامل یگانهای پدافند هوایی نیروی هوایی و اعمال فرماندهی کامل بر یگانهای مذکور، با در اختیار گرفتن فرماندهی اطلاعات و شناسایی، شبکه راداری، موشکی و توپخانه‌ای و دیده‌بانی و سامانه‌های پشتیبانی رزمی و عمومی یگانهای مذکور، از طریق سامانه فرماندهی و کنترل پدافند هوایی (ADOC -SOC -CRC -CP ) مسئولیت کنترل عملیات هوایی کشور را بعهده دارد.