آیت‌الله محمد جعفری اراکی در سال 1310 در اراک متولد شد و از یازده‌سالگی برای تحصیل حوزوی وارد مدرسه حاج محمد ابراهیم اراک شد.در سال 1331 برای ادامه تحصیل به حوزه علمیه نجف می‌رود و از محضر اساتیدی مانند مرحوم آیت‌الله باقر زنجانی، میرزا حسن یزدی، آیت‌الله عبدالهادی شیرازی و آیت‌الله خویی در فقه و اصول بهره برد. پس از حوادث خرداد 1342 و تشرف امام خمینی به نجف به‌مدت 14 سال از محضر امام راحل استفاده کرد. همچنین در مدت حضور در نجف اشراف از محضر فقیه عارف آیت‌الله سیدجمال‌الدین گلپایگانی بهره‌مند شد