مسجد سید اصفهان از مساجد بزرگ و از بناهای تاریخی دوره قاجار در شهر اصفهان. این مسجد که به نام بنیان‌گذار آن سید محمدباقر شفتی شهرت دارد، در سال 1240ق در محله بیدآباد اصفهان بنا نهاده شد. مسجد دارای تزئینات و ویژگی‌های متعدد معماری در شبستان‌ها، گنبدها، محراب، ایوان، گلدسته، کتیبه‌ها و کاشی‌کاری‌ها است. چهار وقف‌نامه برای مسجد، بین سال‌های 1262ق تا 1273ق نگاشته شده و همه مکان‌های مسجد برای موارد خاص وقف شده است. مقبره سید شفتی و فرزندان او در این مسجد قرار دارد.