דו"ח מקיף של מבקר המדינה, מתניהו אנגלמן, שפורסם ב-3 בספטמבר 2025, חושף כשלים מערכתיים בניהול התחום האזרחי במהלך מלחמת חרבות ברזל, שהחלה ב-7 באוקטובר 2023. הדו"ח מציין כי "מאות אלפי תושבים חוו על בשרם" את המחדלים, כולל מחסור בכוח אדם במפעלים חיוניים, חוסר בתמיכה פסיכולוגית-רגשית, ליקויים בתשלום מענקים ופיצויים, והיעדר נציגי משרדי ממשלה באתרי מפונים. המבקר מטיל אחריות אישית על ראש הממשלה בנימין נתניהו, שר האוצר בצלאל סמוטריץ', שר הביטחון לשעבר יואב גלנט, ומנכ"ל משרד ראש הממשלה לשעבר יוסי שלי.
הדו"ח מדגיש כי במשך 17 שנים, מאז מלחמת לבנון השנייה, ממשלות ישראל לא הסדירו גוף מרכזי עם סמכויות ברורות לניהול העורף בשעת חירום. נתניהו, שכיהן 13 מתוך 14.5 השנים לפני המלחמה, ננזף על כך שלא השתמש בסמכויותיו להבטיח מענה לחוסרים ידועים, כפי שהועלו בדוחות מבקר קודמים בין 2015 ל-2020. גם ראשי הממשלה נפתלי בנט ויאיר לפיד, שכיהנו ב-2021-2022, לא פעלו בנושא.
סמוטריץ', כראש הקבינט החברתי-כלכלי, נמתח ביקורת על כינוס הקבינט רק חמש פעמים בשנת המלחמה הראשונה, ללא דיונים משמעותיים בנושאי דיור, תעסוקה או עסקים, ועל כישלון בהקמת מרכז שליטה אזרחי (משל"ט) כפי שהחליטה הממשלה. גלנט ושרי ביטחון קודמים ננזפו על אי-הסדרת מעמד רשות החירום הלאומית (רח"ל) ופיקוד העורף, שכשלו במתן מענה למפונים ובניהול משאבים. יוסי שלי נמתח על ניהול לקוי של פורום המנכ"לים, שפעל ללא סדרי עבודה או החלטות משמעותיות.
הדו"ח מציין כי 33 גופים ממשלתיים הפעילו 48 מוקדי חירום טלפוניים עם כפילויות, והוציאו 93 מיליון שקלים על קמפיינים תקשורתיים, מבלי לספק מענה מספק לתושבים. המבקר קובע כי החלטות הממשלה לא יושמו כראוי עקב היעדר תשתית נורמטיבית ותיאום לקוי, מה שהוביל למבנה תפקודי לא יציב ש"לבש ופשט צורה". המל"ל לא סיפק תמונת מצב לאומית משולבת, ורח"ל לא תפקדה כגוף מתכלל.
אנגלמן קורא לדרג המדיני לפעול בדחיפות לתיקון הליקויים, ומדגיש כי פעולה מהירה חיונית להבטחת ניהול ממשלתי איכותי של התחום האזרחי במלחמה הנוכחית ובאירועי חירום עתידיים. בתגובה, סמוטריץ' טען כי ביורוקרטיה ומשפטיזציה הגבילו את יכולתו לפעול, אך הדגיש כי ניהל בהצלחה מענה ל-200,000 מפונים ו-300,000 מילואימניקים, תוך שמירה על כלכלה יציבה עם גירעון נמוך, בורסה חזקה והשקעות זרות.