בעוד המפכ"ל שוהה בחו"ל וסועד את אחיו בבית החולים, בסביבתו של השר לביטחון לאומי איתמר בן גביר התגבשה הכוונה שלא להאריך את כהונתו של המפכ"ל קובי שבתאי מעבר לינואר הקרוב, וזאת נוכח המשבר העמוק אליו נקלעו השניים במערכת היחסים ביניהם. בסביבתו של בן גביר לא מכחישים כי מדובר באופציה סבירה, ויתרה מכך מדגישים: "על פניו לא נראית אפשרות להידוק היחסים ביניהם".
מקורביו של שבתאי, שאמור לשוב ארצה מחו״ל מחר, טוענים מנגד, כי בימים האחרונים גמלה בליבו החלטה לוותר על השנה הרביעית, אולם הוא לא הודיע על כך באופן רשמי. יחסיהם של בן גביר ושבתאי נחשבים ליחסי אהבה-שנאה למן יומו הראשון של בן גביר בתפקיד.
ה"פיצוץ" בין השניים שגרם לגט כריתות ליחסים ביניהם התרחש במהלך פגישת עבודה שקיימו השניים בשבוע שעבר לאחר הטבח ביפיע. בפגישה הבהיר בן גביר למפכ״ל כי מבחינתו הוא נכשל בשני פרמטרים: אי הפחתת מעשי הרצח בחברה הערבית, ובכך שהוא עסוק במינויים של חברים ולא במינויים על בסיס מקצועי.
נזכיר כי גורמים בכירים בלשכת השר לביטחון לאומי אף הפנו אצבע מאשימה לעברו של שבתאי שלטענתם מתנגד להכנסת השב"כ לטיפול בפשיעה בחברה הערבית ו"עושה הכל" על מנת לחבל במהלך.
אותם גורמים האשימו: "המפכ"ל נשמע מתבטא מספר פעמים בימים האחרונים ביחס להכנסת השב"כ למאבק בפשיעה בחברה הערבית כך כשברוח הדברים אמר - 'להכניס את השירות יהווה חותמת סופית לכך שנכשלתי ונכשלנו כמשטרה בטיפול בפשיעה בחברה הערבית'. מבחינת השר לביטחון לאומי בן גביר, זה אירוע חסר תקדים. משיקולי תדמית אישיים בלבד, המפכ"ל רוצה לוותר על הכלי הכי אפקטיבי שיש כרגע להתמודדות מול מכת הרציחות, שזה הכנסת השב"כ לאירוע. זה מטורף".